Die deutsche Angst vor einer Invasion wurde im Laufe der Zeit immer größer, sodass 1942 der Beschluss zum Bau des Atlantikwalls gefasst wird: die deutsche Küstenverteidigungslinie, die sich von Norwegen bis nach Spanien erstreckt. Um den Bau zu ermöglichen, werden Teile der Stadt Den Helder in der Provinz Nordholland abgerissen.

So wird die Stadt zum Stützpunkt der deutschen Kriegsmarine und steht in den Kriegsjahren konstant unter Beschuss. Die von den Alliierten abgeworfenen Bomben sind für den Militärflughafen und den Hafen bestimmt, treffen aber nicht immer ihr Ziel, sondern landen überall in Den Helder. Die Schäden sind auf Dauer immens. Kein anderer Ort in den Niederlanden ist während des Zweiten Weltkriegs so häufig bombardiert worden.

Im Jahr 1943 wurde der Atlantikwall gefechtsbereit gemacht. Es folgten Zwangsevakuierungen der Zivilistinnen und Zivilisten; ein großer Flüchtlingsstrom setzt sich in Bewegung. Die ehemaligen Bewohnerinnen und Bewohner von Den Helder suchen Zuflucht in nahe gelegenen Orten wie Anna Paulowna, Julianadorp und Breezand. Im Juni 1944 wendete sich der Krieg: Der D-Day (6. Juni 1944) schaffte endlich eine Front im Westen, aber die Befreiung der Niederlande verläuft nur mühsam. Im Norden der Niederlande folgte ein Hungerwinter, und es dauerte bis zum 8. Mai 1945, bevor es den kanadischen Truppen gelang, Den Helder zu befreien.

Tausende deutsche Soldaten kehrten nach ihrer Kapitulation auf Schiffen zurück nach Deutschland. Die Küstenlinie war nach der Befreiung übersät mit Bunkern, Minen und Stacheldraht. Die Stadt musste von Grund auf wiederaufgebaut werden. Dies war ein unglaubliches Unterfangen, denn Den Helder war unbewohnbar und isoliert, zudem herrschte große Nahrungsmittelknappheit. Dennoch gelang es der Bevölkerung, in kurzer Zeit eine neue Stadt aufzubauen. Die Lebendigkeit der Hafenstadt aus der Zeit vor dem Zweiten Weltkrieg ist allerdings für immer Vergangenheit.