Während der deutschen Besatzung im Zweiten Weltkrieg bot die Familie Kruger Menschen, die untertauchen mussten, Unterschlupf. Darunter waren Männer, die sich weigerten, unter den Besatzungsbehörden in Deutschland zu arbeiten, sowie jüdische Menschen, die vor der Verfolgung Zuflucht suchten. In den Erinnerungen der Kruger-Töchter – Aafke, Trijn und Jannie – erscheint De Pannekoek als ein Ort, an dem sich die Menschen sicher fühlen konnten. Dennoch war die Gefahr nie weit entfernt, da deutsche Soldaten jeden Moment eintreffen konnten, um das Anwesen zu durchsuchen.

Das Leben auf dem Hof ging so normal wie möglich weiter, doch alle mussten vorsichtig bleiben. Die Untergetauchten schliefen an verschiedenen Orten im ganzen Haus. Nachrichten wurden über die umliegenden Felder weitergereicht. Bei Gefahr, etwa während einer Durchsuchung des Hofes, konnte eine Planke über den Graben gelegt werden, damit die Menschen die Felder erreichen und versuchen konnten zu fliehen. Bei einer Durchsuchung suchten deutsche Soldaten nach einem britischen Piloten, von dem man annahm, dass er sich auf dem Hof versteckte. Nachdem sie das gesamte Anwesen gründlich durchsucht hatten, fanden die Deutschen nichts.

Während rund um Holwierde und Nansum noch heftige Kämpfe tobten, machten sich Flüchtlinge auf den Weg über die offenen Felder zum Hof. Jannie Wieringa-Kruger erinnerte sich später besonders an diese Flüchtlinge, von denen viele fast nichts besaßen. Einige kamen mit ihren Kindern von der Front. Sie versorgte sie mit warmen Mahlzeiten und bot ihnen Unterkunft. Ab den letzten Monaten des Jahres 1944 übernahm der Hof De Pannekoek eine weitere wichtige Rolle. Der Hof und die Familie Kruger halfen bei der Versorgung hungernder Kinder, die aus den westlichen Niederlanden evakuiert worden waren, wo sich eine schwere Nahrungsmittelknappheit entwickelt hatte. Die Familie versorgte diese hungernden Kinder mit Unterkunft, Essen und Fürsorge.

De Pannekoek zeigt, dass es im Krieg nicht nur um Soldaten und Schlachten geht, sondern auch um die kleinen, alltäglichen Taten der Menschlichkeit, die einen tiefgreifenden Unterschied bewirken können. Auf diesem Bauernhof halfen ganz normale Menschen anderen, in einer der dunkelsten Phasen des Krieges zu überleben.