Mentre la ghettizzazione degli ebrei avveniva sotto l'occupazione, Cywia continuò a lavorare per organizzare la gioventù ebraica. Preparò kibbutz nei quartieri varsavia di Grochów e Czerniaków e fu una delle fondatrici del Blocco antifascista del ghetto di Varsavia. Il compito del blocco era quello di insegnare l'autodifesa, creare “forza d'animo” e preparare i giovani ai “tempi duri”.

Durante l'occupazione, rimase attiva nel settore dell'istruzione. Istituì seminari clandestini, tra i cui docenti figuravano, ad esempio, Janusz Korczak e Stefania Wilczyńska (i fondatori della Casa degli Orfani, un orfanotrofio di Varsavia per bambini ebrei attivo tra il 1912 e il 1942). Gli studenti venivano alle lezioni del seminario da varie parti della Polonia occupata.

Quando il 22 luglio 1942 iniziò la “Grande Azione” (l'azione di sterminio condotta dagli occupanti tedeschi nel ghetto di Varsavia), Cywia era tra i fondatori dell'Organizzazione ebraica di combattimento, ma non faceva parte del comando. All'epoca era membro del Comitato nazionale ebraico, una coalizione segreta di organizzazioni e partiti ebraici che avrebbe dovuto rappresentare la voce unitaria della comunità in Polonia.

Nel gennaio 1943 si svolse la cosiddetta “Azione di gennaio”, durante la quale ebbe luogo la prima resistenza armata degli ebrei nell'Europa occupata. Sorprendendo le forze tedesche, la resistenza le fece ritirare dal ghetto, fermando l'azione di sterminio.

Nell'aprile del 1943 si verificò una rivolta nel ghetto di Varsavia, che ebbe eco in altri ghetti della Polonia occupata. Cywia partecipò alla rivolta, anche se non combatté con un'arma in mano. Erano troppo pochi e Cywia si concentrò sul fornire assistenza medica o psicologica ai residenti del ghetto. Pochi giorni prima della caduta della rivolta, Cywia e alcuni altri ebrei riuscirono a uscire dal ghetto attraverso le fogne e a raggiungere la città periferica di Łomianki. Cywia ha ricordato questo momento come segue:

Tutto ci sembrava insolito, ci faceva girare la testa. Intorno a noi c'era una foresta verde, una bella giornata di primavera. Era da molto tempo che non sentivamo l'odore della foresta, della primavera e del sole (...) Sono scoppiata a piangere. Molte volte nel ghetto era così difficile per me (...) ma lì era proibito piangere. Ora potevo permettermi di farlo”.

Cywia tornò a Varsavia. Partecipò all'insurrezione di Varsavia nel 1944 e, dopo la resa, si nascose sotto falso nome finché l'Armata Rossa non entrò a Grodzisk Mazowiecki, vicino a Varsavia. La gioia della libertà non durò a lungo e Cywia, insieme ad altri sopravvissuti, iniziò a lavorare per sostenere gli ebrei superstiti.

Nel 1946 partì per la Palestina, dove fu accolta come un'eroina. Dopo la proclamazione dell'indipendenza di Israele, Cywia fondò un kibbutz a Lochame-ha-Geta'ot (Combattenti del Ghetto), dove morì nel 1978.