Malgrado sia stata a più riprese confutata dalla storiografia, giornali e media hanno a più riprese riproposto la tesi secondo cui l'operazione Husky sarebbe stata in qualche misura avallata e sostenuta dalla mafia. Gli apparati di sicurezza della Marina statunitense avrebbero infatti contattato il boss della mafia americana Lucky Luciano per sfruttarne la posizione e l'influenza: grazie ai legami che egli aveva in Sicilia sarebbe intervenuto per far sì che le cosche sostenessero l'intervento degli Alleati. A fungere da referente sull'isola sarebbe stato il boss Calogero Vizzini che – sempre secondo questa ricostruzione destituita da ogni fondamento – avrebbe coordinato le operazioni militari assieme agli angloamericani. I mezzi militari alleati avrebbero quindi esposto drappi gialli con una “L” nera (l'iniziale di Luciano) per comprovare questa "alleanza": le cosche si sarebbero dunque mobilitate, anche da un punto di vista logistico, per rendere possibile l'attuazione dell’operazione Husky.

I mafiosi avrebbero guadagnato una certa libertà d'azione e riconquistando il potere che gli era stato sottratto durante gli anni Venti, grazie all'azione di repressione e lotta alla mafia attuata dal prefetto Cesare Mori. Questo patto non è però mai esistito: la mafia non contribuì in alcuna misura allo sbarco anche se, dopo l'occupazione, si infiltrò nelle maglie della pubblica amministrazione approfittando della necessità degli angloamericani di gestire il territorio siciliano. Gli Alleati insediarono infatti in Sicilia un governo provvisorio, denominato AMGOT (Allied Military Government of Occupied Territory), che aveva come compito quello di ripristinare la normale amministrazione statale per i siciliani. Fu in questo contesto che i mafiosi poterono inserirsi all'interno degli apparati istituzionali: il boss Vito Genovese svolse ad esempio il ruolo di interprete ufficiale di Charles Poletti, il commissario dell'AMGOT incaricato dell'amministrazione civile di Palermo e, successivamente, di Napoli. L'AMGOT nominò come sindaci i mafiosi Giuseppe Genco Russo (a Mussomeli) e Calogero Vizzini (a Villalba); entrambi appoggiarono il separatismo divenendo, almeno in una prima fase, elementi di spicco per la nascita e lo sviluppo del Movimento per l’Indipendenza Siciliana, fondato da Andrea Finocchiaro Aprile.