Kolekcja obejmuje dzieje miasta od średniowiecza po współczesność. Obecnie zbiory liczą około 50 tysięcy obiektów dokumentujących historię Gdańska i jego mieszkańców. Ukazują rozwój miasta – od jednego z najważniejszych ośrodków Hanzy, którego bogactwo i znaczenie budowały handel oraz wielokulturowość, po współczesne miasto rozpoznawalne na arenie międzynarodowej. Instytucja składa się z 10 oddziałów, z których każdy prezentuje inny aspekt historii Gdańska. Dwa z nich – Muzeum Poczty Polskiej oraz Wartownia nr 1 na Westerplatte – poświęcone są wydarzeniom II wojny światowej. Są to symboliczne miejsca związane z wybuchem wojny.

Gdańsk odegrał szczególną rolę w historii II wojny światowej – to właśnie tutaj we wrześniu 1939 roku rozpoczęły się jedne z pierwszych działań zbrojnych niemieckiej agresji na Polskę. Ważną część działalności Muzeum Gdańska stanowi ukazywanie losów miasta w czasie wojny oraz procesu jego powojennej odbudowy.