​​Au début de la guerre, le roi des Belges Léopold III choisit, non sans heurts, de capituler face à la menace nazie. Une partie des ministres et des parlementaires belges quittèrent la Belgique. Après avoir trouvé refuge à Poitiers, les exilés rallièrent Limoges le 31 mai 1940 où ils furent accueillis par le maire Léon Betoulle et condamnèrent par un vote la capitulation du souverain. Ils occupèrent plusieurs bureaux de la mairie et de la préfecture. Les drapeaux belges furent déployés au côté des drapeaux français. Le 16 novembre 1940, Léon Betoulle fut révoqué par ordonnance gouvernementale et remplacé par André Faure, industriel de la ville.  

​Sous l’occupation allemande, la mairie de Limoges fut un foyer et une des plaques tournantes de la Résistance en zone sud. Lucien Berdasé, chef du bureau des affaires militaires puis chef du recensement, devint un auxiliaire indispensable à la Résistance. Il déploya une activité multiforme : il sabota les listes de recensement des israélites, il établit de faux certificats de départs en Allemagne, il camoufla certaines des armes déposées à la mairie, falsifia des actes de naissance puis créa une véritable organisation régionale de faux documents. Il délivra également les laissez-passer et sauf-conduits pour les véhicules des maquis avec l’accord et la complicité de Laporte, secrétaire général de la Préfecture. Suzanne Rodi-Boyer, chef de service à la répartition des cartes d’alimentation à la mairie, participa aussi à la Résistance en fabriquant pour les familles juives de faux-papiers avec des tampons subtilisés à la mairie. 

​Le 4 mars 1945, l’hôtel de Ville reçut la visite du Général de Gaulle. Georges Guingouin, Compagnon de la Libération, fut maire de Limoges du 29 avril 1945 au 19 octobre 1947.